První děti začal vyučovat v Dušejově v druhé polovině 18. století (1787) v domě č. 13 (nyní č. 28) zdejší kněz Václav Lameš. Když byla o šest let později dostavěna fara, přesunula se zdejší třída do jejího přízemí. Až do konce 19. století se škola nacházela na témž místě, navštěvovalo ji kolem 140 žáků a vystřídalo se zde několik učitelů.

Kvůli opravě fary a nedostatku místa pro vyšší počet dětí školou povinných byla postavena v letech 1887 – 1888 nová budova (č. 42 – dnes pošta a hostinec). Ve dvou třídách se postupně učilo kolem dvou set dětí, a proto musely být pronajaty další prostory v domě č. 5. Do školy sem chodily děti z Maršova, Boršova, Bahen a okolních samot. Žáci prvního stupně – obecné školy – se učili v této budově až do roku 1953.

Budova, ve které nalezneme školu dnes, byla vystavěna během druhé světové války a těsně po ní. Stavba měšťanské školy (6. – 8. ročník) pro české děti byla tehdy odvážnou akcí. Před válkou navštěvovaly starší děti z Dušejova a okolí školu v Německé Vyskytné (dnes Vyskytné nad Jihlavou). Její budova byla v roce 1939 zabrána německými úřady. Azyl poskytl této škole právě Dušejov – jednotlivé třídy byly rozmístěny ve vesnici po domech, v obecné škole a sokolovně.

Měšťanská škola ale potřebovala samozřejmě vlastní budovu. Realizace plánované výstavby ale nebyla v té době bez problémů. Pro oklamání úřadů se na veřejnosti mluvilo o stavbě kulturního domu. Zařídit půjčky a úvěry na českou školu byl v období protektorátu nelehký úkol a stejně špatně se shánělo velké množství stavebního materiálu. Někteří z místních hospodářů ručili svým majetkem, většina obyvatel pak přispěla vlastní prací.

Během jednoho roku (1940) byla postavena hrubá stavba. V neklidné době heydrichiády musely být práce na čas přerušeny, v roce 1943 už se ale do budovy "kulturního domu" mohlo přestěhovat několik rodin a také sem byla přemístěna četnická stanice. Stavba byla dokončena v roce 1950, ale vyučovat se začalo již 1. září 1947. Od roku 1953 se budova stala domovem i pro obecnou školu. Celkový počet žáků (1. – 8. ročník) se pak pohyboval mezi 140 a 150.

V průběhu poloviny 20. století byly přeměněny některé prostory na odborné učebny a kabinety, zároveň vybaveny a zavedeno ústřední topení. V 60. a 70. letech přibyli žáci v souvislosti s uzavřením škol v Milíčově, Hojkově, Hubenově a Mirošově. Součástí školy se postupně stala i školní jídelna a družina.

Od roku 2006 je škola příspěvkovou organizací s právní subjektivitou. Jejím odloučeným pracovištěm se stala mateřská škola, která se v současnosti nachází v prostorách zdravotního střediska. Jako tělocvična slouží škole budova sokolovny, kde se pořádají i celoškolní akce. Škola je vybavena moderními učebními pomůckami (počítače, interaktivní tabule). Průběžně se díky podpoře obecního úřadu, SRPDŠ a sponzorským darům firem i jednotlivců provádějí úpravy interiéru, škola se dále modernizuje. Intenzivně se věnuje již desetiletí integraci žáků se speciálními vzdělávacími potřebami a zdravotně postiženým.

V roce 2005 zde bylo zřízeno Školní poradenské pracoviště, které od té doby napomáhá žákům s výchovně-vzdělávacími problémy, poskytuje rady i rodičům a pedagogům. Škola se zapojila do několika projektů – EU peníze základním školám, Zdravá škola, Rozvoj a metodická podpora poradenských služeb, První pomoc do škol aj. Dlouho očekávaná výměna oken proběhla v roce 2014. Zároveň byla škola zateplena a získala novou fasádu.